(二)外资在华研发活动对我国自主创新的潜在挑战
1.跨国公司研发活动垄断和控制关键核心技术，造成我国自主创新的对外依赖。
我国当前提出的自主创新不同于过去在闭关锁国背景下的“独立自主，自力更生”，而是为了更好地利用开放的条件，更好地发挥引进的作用，有效利用外部创新资源为自主创新服务。显然，跨国公司在华研发机构是我们首先要利用的外部资源。然而，跨国公司在华开展研发活动的同时，也强化了其技术的市场垄断地位，尤其加强了对关键核心技术的垄断和控制。一方面，跨国公司通过“技术研发分工”的战略，更多地把基础性创新研究和技术开发放在跨国公司的母国进行，而大多数在华研发中心定位于产品的本地化，从事的是适应型、专用技术型、实验型产品的推广活动，很大程度上只是起到联系本公司先进技术和中国特殊市场需求的纽带作用，以此确保其进一步占领产业链和价值链的高端，而将国内企业锁定在产业链的低端或沦为依附。以电子信息产业为例，跨国公司在华研发费用中试验活动费用高达88%，而基础研究费用只占总支出的1%，应用研究占10%。另一方面，在技术交易市场上，跨国公司对我国的技术转让也会牢牢控制其关键核心技术。跨国公司所转让的技术虽然比我国原有技术先进的多，但大多是世界上已进入成熟期、衰退期，甚至是即将淘汰的技术，真正先进的技术并没有进入中国。以汽车工业为例，近十多年来，我国汽车工业先后引进国外技术300余项，引进车型涉及除中型载货车以外的几乎所有车型。但我国轿车业仍然没有形成整车设计开发能力，国产轿车技术性能比国外落后5-15年，一些轿车品种还是国外十几年前的车型。
跨国公司在华研发通过严格的技术控制手段，客观上进一步强化了其市场垄断地位，这也使得国内企业在学习和模仿其技术和产品时极为困难，也限制了我国企业对其先进技术的可获得性，从而进一步加大了我国技术创新的对外依赖程度。有资料表明，目前我国每年的固定资产投入中，40%用于设备的投入，而其中60%用于国外进口，100%的光纤制造设备、85%的集成电路、70%的纺织品设备和80%的石化设备都需要从国外引进。 2.跨国公司严密封锁知识扩散和技术外溢渠道，增强了我国自主创新的难度。
长久以来，国内对引进外资、获取其技术溢出效应寄予厚望。但是，技术优势是跨国公司的生命线，因此跨国公司不仅不会主动外溢技术，也不会将自己的核心技术有偿或无偿让出与人共享，更不会因此而培植自己的竞争对手。相反，外资研发机构会谨防知识溢出和技术扩散，尽可能封锁一切知识和技术传播的途径与渠道，维持其技术上的绝对优势地位。为了防止知识和技术的外溢或泄露，跨国公司在华研发机构大多以独立法人形式单独注册，并且都采取独资或绝对控股的股权结构。例如，摩托罗拉中国研究院目前下设18个研发中心， 这些设在北京、上海、成都和苏州等地的研发中心都是独资创办的。据统计，75%左右的外资在华研发机构都是独资形式。并且越是高新技术产业，外资越是要对企业控股;越是技术先进的机构，跨国公司越是倾向于采取独资方式。实际情况也表明跨国公司投资的独资企业的技术先进程度要优于合资企业，合资企业中跨国公司控股的企业技术水平要优于其不控股的合资和合作企业，跨国公司投资企业的技术水平要明显优于其向内资企业转让的技术。
跨国公司研发机构通过控股或独资来运作，一方面可以封堵对本地企业技术扩散的渠道，减少先进技术和管理知识的转移，维持技术垄断优势。另一方面控股或独资的设立形式又有利于跨国公司进行自主知识产权保护，通过专利壁垒或知识产权，进一步实施对核心技术的控制。跨国公司在华研发机构控股化、独资化运作的趋势，实质