开放式创新过程中的风险是由于不确定性引起的，主要包括。①能力不确定性。创新参与者的能力状况如何?企业是否具备广泛搜集创新资源的能力?是否具备将创新资源转化为现实产品的能力?是否具备将产品销售出去的能力?②技术不确定性。技术的领先程度如何?技术的复杂性如何?技术更新换代的速度如何?互补性技术与替代性技术发展情况如何?③项目不确定性。哪些是有价值的项目?哪些是无价值的项目?对项目的价值如何科学评价?④市场不确定性。创新产品的客户是谁?哪些客户最重要?市场容量有多大?
上述不确定性的单一出现或同时出现，都会导致创新活动达不到预期目标，即创新过程中可能出现大量的风险。这些风险主要表现在以下几个方面。
一是开放式创新消除了地理上、产业上、技术上和企业本身的边界，从而增加了企业创新外部环境的复杂性，带来了更多相互牵连的市场风险、政策风险、技术风险和财务风险等，导致企业对创新过程难以管理和控制。特别是在与不同企业的创新合作中，由于不同企业本身所带有的风险不一样，而且合作链条任何一个节点上的企业的风险都可能波及到其他企业。于是，合作的企业越多，创新的不确定性就越大，企业发生风险的概率也就越大。
二是在企业开放式创新模式下，频繁的新创意"流出"和"流入"将导致对这些创意的监控和管理的难度增加，从而增加创新成功的不确定性。
三是高素质人才的频繁流动导致企业进行开放式创新面临严峻的"创意流失"问题。例如，风险投资机构对企业内部从事研发并掌握研发成果的人才具有极大的诱惑性，促使其离职、创建新企业并与老企业形成竞争局面，而人才的流动性又是在自由市场环境下很难控制的问题。
四是由于项目研发早期对其商业潜力评估错误而出现"假阳性"或"假阴性"现象，即为没有价值的项目过度投入或者错失极有价值的项目，从而带来巨大的损失。
五是开放式创新促成了知识的快速扩散，从而有可能导致研发机构失去对知识的所有权而蒙受巨大的损失。例如，现在很多企业一旦有新的发明，就会马上将其应用到产品中去，而不是首先申请专利。因为，在申请专利的过程中，该发明就可能成为"公共产品"从而一文不值。
风险管理对策
第一，要从能力、责任、制度、技术和财务等方面对创新合作伙伴进行详尽的风险考核，选择发展稳健的合作者，降低合作创新的风险。在合作者的数量上，以精简为原则，尽量缩短合作链条，以减少合作创新中的不确定性。
第二，加强企业对研发成果商业潜力的早期评估能力，或者与专业的评估机构进行合作，充分评价"流出"和"流入"企业的创意的潜在商业价值，从而避免造成损失。
第三，通过改善企业内部的人力资源管理方式、规范人事规章制度、建立合理的创新激励机制，保持对企业内外人才的吸引力，稳定企业内部研发组织结构、避免企业核心研发人员过多离职出走，从而避免企业内部创意流失。
第四，为企业新创意的"流出"和"流入"建立缓冲地带，即在企业内部成立风险投资部门对新创意的"流出"和"流入"进行投资与管理，既可以提高新创意为企业赢利的几率，又可以避免那些真正具有商业潜力的新创意脱离企业而有利于竞争对手的局面。
第五，企业必须强化对知识产权的管理，既要增强对企业知识和技术泄露风险的控制能力，也可以通过技术转让、产权保护等手段获取一定的报酬和利润。
第六，不断反思、革新企业的商业模式。开放式创新主要强调的是企业整合创新资源的能力，即"怎么卖胜过卖什么"。从本质上来说，创意与技术本身是没有任何价值的，它们的价值是由将其市场化的商业模式决定的。商业模式相当于中介机构，从而把