首先，目前很多企业对于研发项目的关注仅停留在其技术层面，在很多人观念上并没有认识到研发活动资金管理的重要意义。而现实中又有两方面的直接原因，一是由于研发活动所具有的不确定性而使一些企业认为其预算管理难以实施;另一种情况是有的企业自认为资金比较雄厚，也就没有必要对研发活动的资源消耗进行约束，从而将研发预算从企业预算中剥离出来。
企业搞研发需要很大的资金投入，研发预算管理直接影响到企业研发能力的强弱及研发成果的成败，然而目前国内许多企业对研发预算管理的认识还很模糊，管理手段也相对落后，原因是什么?出路又在哪里?
首先，目前很多企业对于研发项目的关注仅停留在其技术层面，在很多人观念上并没有认识到研发活动资金管理的重要意义。而现实中又有两方面的直接原因，一是由于研发活动所具有的不确定性而使一些企业认为其预算管理难以实施;另一种情况是有的企业自认为资金比较雄厚，也就没有必要对研发活动的资源消耗进行约束，从而将研发预算从企业预算中剥离出来。
其次，企业缺乏有效的研发预算管理方法，目前很多企业采用的研发预算方法都存在着不同程度上的不适用，企业中采用零基预算方法的较多，而这种状况不利于预算效率的提高。
另外，企业普遍缺乏规范、严格的研发预算管理制度。仍有一些企业未建立预算管理制度，企业处于无制度的约束状态。而已建立预算管理制度的企业，在所指定的预算制度中则基本上看不到有关研发预算的内容。由于制度的不全，制定预算的主体即预算制定机构存在着随意性和不合理处。
最后就是企业研发预算管理信息化程度不高。研发预算的编制需要大量的信息，而目前企业普遍在研发预算信息管理上缺乏有效的手段，信息获取渠道少且不通畅，特别是一些基础数据信息缺乏，另外，有些企业在研发预算管理中未使用管理软件，因此导致了很多不良后果，必须提高企业研发管理的信息化程度。
未来企业在研发预算管理方面应该注重以下几点 ：
第一，在企业的研发预算管理中树立资源有效性与价值链的思想。
第二，研发预算管理实现制度化和规范化，和企业机构设置相适应。
第三，建立与研发活动特点相契合的研发预算模式，比如打破以往不加区别地只对项目做整体预算的方式，而根据项目特点采取分阶段预算的方法。
第四，建立健全研发预算管理信息系统。研发项目具有的不确定性且风险高等特点要求信息的细致程度和可靠程度都很高，而且对信息沟通、信息取得的及时性要求也比较高，这使得研发预算管理需要一个符合其要求的信息平台。