根据现代项目管理理论，重大科技项目实施要经历项目可行性论证、规划计划、实施与控制、收尾和验收等几个阶段，所涉及管理技术包括项目范围管理、进度管理、资金管理、质量管理、风险管理、项目队伍管理、设备采购管理、沟通管理和项目整体管理等。虽然国家提倡采用现代项目管理的技术和方法来管理重大科技项目，但是由于国内现代项目管理理论研究起步较晚，项目管理知识的普及程度也较低，仍然存在着诸多问题。
一、重大科技项目实施过程中存在的主要问题分析
1．重大科技项目建设目标不集中，建设子项目布局分散，使得项目资金投入不集中，造成项目建设的资源浪费较大，资源配置方式落后，配置效率比较低。
因此，从目标上看，项目的目标过于分散，布局不甚合理，甚至还不能突出关键目标，从而造成项目投资铺设面较大，项目投资不集中，在资源总量一定的条件下，随着项目的细化，每个项目的研究方向平均投资强度或者获得国家资金的支持力度，有可能下降。影响了项目投资的资源配置，也影响了项目的投资效益，虽然国家增加了项目投资，但也是无济于事，等于车水杯薪。尽管项目建设已经对相关计划目标进行了凝练与集中，也普遍增加了投入强度，但是还有必要进一步收敛目标，集中几个更加具体的研究方向重点突破，这样才能充分发挥国家集中财力的作用，也能向社会传递出更加明确的信息，以调动更加广泛的社会资源，实现国家对项目要求的建设目标。
2．重大科技项目过程管理模式比较落后，没有真正从现代项目管理的规律出发，过程管理模式缺乏创新性，未能建立项目的监督和监理机制，项目建设效益受到影响。
项目实施过程管理的有效性直接关系到项目实施成功的关键，也关系到国家的综合实力的发挥。尽管有的项目在实施过程中实行了类似节点控制，但是由于节点设计和控制，已经成为决定和影响项目申请能否过关和能否批准的一个重要因素，它的意义已经与原来的一般过程控制出现了很大偏离。因此。节点的时间间隔不应该脱离项目本身的发展规律。如何加强项目实施的过程管理，建立有效的过程管理模式、过程监督机制和运作机制是我们面临的重要问题。
3．重大科技项目实施过程中的管理专家与技术专家(学科带头人)整合不够，造成双方的信息不对称性，重大科技项目的信息时效性较差，造成重大科技项目的应变反应机制不及时，实则管理和技术两张皮。
如何把项目管理专家的综合管理优势与项目的技术领袖(项目负责人)的技术专长有机地结合起来，发挥互补型的倍增效应，将是未来项目实施高效组织实施的重要因素。项目的实施，不仅仅是单纯的技术开发，还包括项目的组织。谁来组织实施，如何组织实施，相应的责、权、利如何界定等，都会影响着项目实施的管理效率。在项目的具体组织实施过程中，合理配置人力资源，充分发挥技术人才与管理人才的积极性。是保证学科建设成功实施的决定性因素之一。
对于重大科技项目的宏观管理而言，缺乏项目宏观管理人员，致使项目由多个部门、多头管理。对于项目的微观管理而言，不善管理的项目负责人被推到了技术管理和项目组织实施的前台。因为，如果单纯的项目负责人作为项目组织者，无法调动更多项目实施的资源；如果由不懂技术的管理专家来组织实施项目的实施，又会造成学科技术信息的不对称性，管理专家又处于明显的不利位置。因此，如何将项目实施的管理专家和技术专家(项目负责人)整合在一起，建立切实可行的管理模式和运作机制，提高信息的对称性和时效性也是需重点研究的问题。
4．国拨经费的到位时间比较迟，重大科技项目配套资金的不落实，重大科技项目资金管理模式不合理，资金投入管理机制未能建立，影响项目实施的进度
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