随着组织的发展，项目越来越多，由单一项目管理向多项目管理发展已经是项目型组织走向规模化发展的必经之路。在我所接触到的大多数项目型组织，并不能完全适应这种变化，受困于多项目管理之中。从表观看，这主要是多项目管理相对单个项目管理要复杂得多，它需要组织在多个项目之间协调和分配现有资源，以获取最佳的项目实施组合。但要想搞清楚产生这种管理困惑的真正原因，我们必须先分析当由单一项目管理转向多项目管理时，到底出现了哪些变化？
首先是组织架构发生了变化。在单一项目管理时，组织并没有为项目而成立项目管理机构，组织的最高管理者即是项目经理，组织的所有职能部门都围绕着这一个项目转，管理路径相对较短，只是一级管理。但当多项目管理时，组织可能需为项目成立单独的项目管理机构，任命项目经理，组织的职能部门也需要围着众多项目而转，管理路径相对延长，可能是两级管理，也可能是三级管理。这时权责明晰显得尤为重要，也就是项目经理、项目管理机构到底有哪些权责、需要做哪些工作，而组织的职能部门有哪些权责、需要做哪些工作。
事实上，大多数项目型组织在由单一项目管理转向多项目管理时，仍然沿袭当初单一项目管理时的模式，项目管理机构成了夹心饼干，事事需要呈报组织的职能部门办理，而组织的职能部门又面对的是多项目，在人员不增加的前提下，自然效率低下，非但出现进度拖延，甚至还出现工作遗漏或工作错误。
其次是资源配置发生了变化。在单一项目管理时，组织的所有资源都投入到该项目中去，不存在资源配置优化问题。但当组织在多个项目并发的情况下，就会涉及到不同项目之间在资金、设备、人力等资源的共享与竞争，多项目间的资源分配问题已成为项目型组织面临和必须解决的核心问题，其解决的好坏关系着各项目的成败。可以这样说资源管理就是多项目管理的根本。
再者是信息沟通发生了变化。在单一项目管理时，组织的内部沟通就是组织的职能部门内部及部门间的沟通，外部沟通就是组织的职能部门与外部单位的沟通。但当多项目管理时，组织的内部沟通不再是组织的职能部门内部及部门间的沟通，还包括项目管理机构的内部及项目管理机构与组织的职能部门的沟通、项目管理机构间的沟通；组织的外部沟通也不再是组织的职能部门与外部单位的沟通，还包括项目管理机构与外部单位的沟通。信息沟通此时出现复杂化，在这种情况下，如何规范信息沟通就显得尤为重要。
当然还有其他的变化，但是我个人认为，以上三点变化对分析多项目管理困惑尤为关键。
让我们首先来分析一下组织架构带来的变化。
当项目型组织由单一项目管理转为多项目管理时，往往会为各个项目任命一名项目经理，接下来项目经理就要与有关职能部门经理协商，抽调人员组成项目部，有些人员会进入项目部为项目专职工作，还有些人仍然会留在职能部门同时为几个项目工作，无论是在项目部专职工作的人员还是留在职能部门为项目兼职工作的人员，在技术上都归职能部门统一领导，项目型组织结构形式由职能式转为矩阵式。
在矩阵式组织中，从行政关系上来说，项目经理与职能部门经理处于同一地位，同时均领导着项目成员，这样便出现了“多头领导”现象，必然导致在涉及到项目优先次序，资源配备（包括人员、资金、时间等）等问题上造成冲突。这也就构成了多项目管理的困惑之一。
要解决好这一问题，首先必须明确项目经理与职能部门经理的职责，项目经理的职责应是确定做什么（工作内容、何时完成、进度计划）、多少费用（预算）等问题，以确保实现项目目标；而职能部门经理的职责是决定如何完成好项目经理分配给本部门的任务，
并确定每项任务由谁负责，在技术上指导和领导项目中的本部门工作人员，同时他要对本部门内人员的工作任务保持监控，及时根据情况变化进行调配。而事实上我们看到很多项目型组织，项目经理的定位不清楚、职责不明确，职能部门经理的职责仍然延续单一项目管理时的职责。此外，由于双重领导，什么事情应该向谁汇报、何时汇报也不甚明确。
项目经理与职能部门经理所处的位置不同，考虑问题的出发点也不同，项目经理往往是从维护本项目的利益上考虑问题，而职能部门经理则往往是从维护本部门的利益上考虑问题，这样一来难免不发生冲突。各个项目经理与职能部门经理必须共同站在企业的高度上对各个项目加以认识及理解，了解各个项目所处的环境，了解组织所处的环境，这样才能对项目重要性、对资源的需求，以及资源的可获得性有一个更充分的认识，从而使各个项目都能得到很好的管理。