《传染病防治法》第十六条规定，传染病的菌（毒）种分为一、二和三类。鼠疫、霍乱和天花，是一类；肝炎、狂犬病、登革热等是二类；流感病毒是三类。
2003年的非典病毒和这次的新型肺炎病毒，都是冠状病毒。2003年的时候，冠状病毒不在传染病目录里，后来有关部门把它列入传染病目录里，为二类病毒，但按一类管理。
2019年底武汉出现的新型冠状病毒，也不在传染病防治法目录里。2020年1月20日，有关部门把它列入传染病防治法的防治目录里，也是二类病毒，按一类管理。
2003年的冠状病毒，先是在广东出现并传播，一直传播到北京等地。2019年底出现的冠状病毒，先是在武汉出现并传播，然后传播到全国各地。这两者都不在传染病目录里，所以地方没能按照传染病防治法启动相应的应急行动。
以上两次疫情发生后，都是在国家卫生管理部门把病毒列入传染病病毒目录之后，各级政府才启动二级或一级响应，但都是为时已晚，病毒已经扩散到全国。中国不得不花费大力气，以举国之力，用最原始的方法、最原始的手段，隔离人群，来切断传播的链条。付出代价可谓巨大，但也无可奈何。
机制之困
传染病防治法规定，国家卫生管理部门可以根据情况，增加或者减少菌（毒）种的种类。这一规定，使得增加或者减少传染病毒或者病菌的权力，集中于卫生管理部门。
但国家卫生管理部门并不直接接触病毒，直接接触病毒的是一线的医生。然而，医生所能做的只是患者的咽拭子检查，也就是提取咽喉部的分泌物。提取分泌物后，要进行病原微生物培养，同时对感染的病原微生物进行基因序列检测，确诊则要用诊断试剂盒，病毒检测需要核酸检测试剂盒。
好医院有条件自己培养病原微生物，但没有试剂做进一步确认。一般医院则没有这个条件。所以一般都交给疾病预防控制中心（CDC），或者相关的生物安全实验室进行培养。CDC有诊断试剂盒—一般在地级市CDC就有这个设备。
地级市CDC用诊断试剂盒确诊后，要报给省级CDC复检；省级CDC确认复检后要报给国家CDC；国家CDC确认是某个病毒，而且具有人传人的传染性后，要报告给国家卫生管理部门；有关部门再根据情况，决定是否列入传染病毒的目录。在这一过程中，所有信息严格保密，医生、各级CDC都无权向外界报告情况。
针对这次的新型病毒，因为刚开始没有试剂盒，所以最好的处理方式是依靠医生临床判断和摸索、探索，在确保安全的情况下提出响应的防疫措施。但在现有的机制下，医生的临床判断和宝贵的探索，并没有形成有用的政策信息，占主导的仍是行政管理体系。
其结果是，无论是非典的冠状病毒，还是这次的新冠病毒，都没有能及时准确判断肺炎的准确原因，没有及时发现病毒存在人传人的特性，所以也就没有及时把病毒列入法定传染病毒目录。
治理之变
幸亏中国有一个钟南山，他虽然在广东，不在北京，但在2003年，他以专家身份指出，非典型性肺炎的病原是冠状病毒感染，而不是衣原体细菌感染，从而否定了当时的国家卫生管理部门的决定。
2020年1月19日，他和团队到达武汉，又指出武汉肺炎是新型冠状病毒感染，而且已经发生人传人，是二类传染病毒。钟南山以临床经验为基础进行了判断，国家卫生管理部门接着把新病毒列入国家传染病病毒名录，各级政府启动一级响应。
但即便如此，无论是非典型肺炎，还是新型肺炎，在钟南山做出判断的时候，都已经大规模爆发。大家都认为，是地方政府瞒报造成的，非典时期北京市市长还因此引咎辞职。这次新型冠状病毒大爆发，大家也认为是武汉市政府没有及时披露相关信息，要求武汉市长下课。但从武汉市长