PMO的产生是为了确保企业向项目型成功过渡，其发展历程本身就是一个不断改进并满足实施企业项目管理需要的过程。既然项目管理办公室是一种成功实施企业项目管理的支持机构，那么要使其充分发挥作用，就必然要融入到企业的组织结构中。
2.1 构建以矩阵式为基础
基于PMO 的EPM组织结构矩阵式组织结构在最大程度上体现了项目管理组织的柔性特点，在项目进行中严格按照项目管理的方法执行和考核，确保每个项目目标的实现。如何扬长避短，充分发挥其作用，项目管理办公室可以解决这一问题。在这样的组织结构中，战略规划部可以根据企业的具体情况制定可行的企业战略，并在项目管理办公室的配合下选择适合企业的项目，并且对这些项目进行优先级排列，最后实施项目。
2.2 基于PMO的EPM组织结构的特点
(1)以战略为导向。企业有专门的战略规划部制定可行的企业战略，在项目运行过程中，PMO对企业内所有项目实施战略评估及控制，在实现企业战略的前提下提高企业资源利用率。
(2)权责明确化。在项目运行过程中，职能经理是企业资源库的领导者，但是放弃了一定的权力基础，项目经理是真正的管理者，团队成员必须且只对项目经理负责。因此克服了矩阵式组织结构存在的权责模糊的现象。
(3)组织的柔性化。企业可以根据项目的实际需要扩大或缩减资源的数量，同时也可以根据战略意图、市场竞争因素对职能部门进行调整。通过这样的动态化管理，提高企业的适应能力。
(4)学习型的组织结构。通过P M O对项目管理知识及经验的归集、整理和扩展应用，实现项目团队之间的互动学习，提高企业进行项目管理的水平。
2.3 各部门的定位及其主要任务
(1)战略规划部。战略是企业的核心。因此企业要实现其目标首先应进行战略规划。战略规划
部是企业战略的制定者。战略规划部的任务是在全面分析企业的外部环境和自身状况的基础上，制定获取和调配资源的合理方案，实现企业目标。由于只有对企业各个方面十分清楚的企业高层才有资格制定战略，所以战略规划部的权力等级不能低于项目管理办公室，也只有这样才能保证战略规划部制定的策略能在总经理的推动下被项目管理办公室认真执行。
(2)各项目部。各项目部是企业的运营中心。项目部把完成一个项目所需的各类人才和资源组合在一起，由这一相对稳定的团队来共同完成多个项目。由于项目部有明显的延续性，因此他们要在培养技术骨干、拓展客户关系及积累经验等方面积极开展工作，保证本部门能随时完成组织分配的任务，经过一段时间后，项目部便可以发挥出最佳的团队协作效率，使得项目部在同样的项目上获取更佳的经济效益。项目管理者联盟文章
(3)各职能部门。在项目的整个实施过程中，PMO一直关注企业中的所有项目，为项目提供相关咨询和技术支持，并对项目进行风险控制，拥有对项目的变更权和终止权，保证项目在企业的战略框架下运行，最终实现企业的战略目标。
项目确定后，PMO就会调用企业资源库，为项目确定合适的项目经理人选和相关资源。此时，项目经理直线领导组织的各个方面。职能经理可以获得适当的人员，满足组织持续运营和项目两个方面的需要。职能经理和项目经理为一个管理团队共同工作，形成灵活机动的工作力量。职能经理必须放弃其权力基础，作为资源库的领导者，负有发展和管理人力资源的责任，而具备相关技能的人力资源将会被调用到项目中。