项目绩效管理不等同于绩效评价。绩效管理不仅仅是评价方法，而是对工作进行组织，以达到最好结果的过程、思想和方法的总和。对项目团队的绩效进行计划、监督、控制、考核评价的过程，就是团队目标实现的过程，也是团队中个体能力提升的过程。项目绩效管理是项目组织与人力资源管理的重要组成部分，也是项目管理的重要内容项目绩效管理是以团队目标为导向，在团队负责人和团队成员之问就目标本身及如何实现而达成共识，形成利益与责任的共同体，并推动和激励成员实现预先设定的绩效，从而实现团队目标的过程。
与构建风险预警指标体系的逻辑起点和逻辑方向相匹配，整个理论框架还需要明确的逻辑对内部控制系统实施领导团队开展简单正式的绩效考核，将内部控制系统实施任务纳入各部门原有的考核体系中，成为各部门的新的职能任务。同时各部门将内部控制系统实施过程中形成的制度文件提交，根据提交上的制度文件，进行简单评分。评分结果与各业务部门负责人的工资、任职、福利等相挂钩。PMO 主要采用两个维度进行绩效考核，即：组织层面对整个阶段性内部控制系统状况进行考核和部门层面对实施人员进行考核。
1.人员考核
人员考核工作在部门原有整体绩效考核体系中进行，考核的对象为参见内部控制系统实施的协助部门主管及下属实施成员。
部门主管的考核：一方面由 PMO 对部门主管领导实施的内部控制系统执行情况整体考核评分，另一方面由被考核人员所在部门的实施人员对其执行过程进行考核评分。两方面结合的考核评分方式，既考核了人员的实施结果又监督了人员的实施过程，避免了单一的结果导向，而忽视过程管理。保证了考核评价的全面性和客观性。
基层实施成员的考核：部门内部对基层实施成员开展考核。由于处于初始等级，可以采用简单易行的考核方法，如关键事件法，即无需对基层实施成员进行全方位的详细考核，而只需记录，部门在内部控制系统实施过程中，基层实施人员的卓越表现和突出事件。并对有突出卓越表现的实施成员给予奖励，激发基层实施人员的实施热情和潜力。
通过上述的内部控制系统实施过程监控和考核工作，内部控制系统实施工作就会得到良好的控制，缓解执行中出现的矛盾，提高内部控制系统实施的有效性。
2.整体考核
当企业内部控制系统实施过程中暴露出的执行成本过高、进度拖沓、实施效果不明显等问题，将着重考核内部控制系统实施过程的实施进度、实施成本和实施效果三方面：内部控制系统实施过程的实施进度考核：在统一各个业务部门的进度计划工具的基础上，各个业务部门要严格按照计划进度实施。定期对业务部门进行总进度考核和里程碑进度考核，对于实施进度与计划进度有出入的业务部门采取相应的惩罚措施。绩效考核过程中注重选取合适的绩效考核方法。
内部控制系统实施过程的实施成本考核：考核各个业务部门制定的成本预算的合理性，在此基础上对各个业务部门内部控制系统实施过程的预算执行情况进行考核。
内部控制系统实施过程的实施效果考核：实施效果包括两方面：一方面是功能与性能，是指对内部控制系统实施阶段性交付成果的考核；另一方面是质量规范性考核，是指各业务部门按照统一规范的制度要求进行质量控制，避免再次出现 X 企业之前执行过程中出现的交付成果标准不统一导致的信息数据冗杂难处理。