在建立好了PMO之后，就需要让PMO能够按照预定的权限和流程进行运作，在运作的过程中，应该注意以下事项：
* 应该使项目管理在组织内部具有连贯性和稳固性，不能够只是作为口号的宣传或者是阶段性的工作突击。
* 能够向组织的决策层、职能经理及员工展示项目管理的价值。这些人是PMO运作的利益关系者，只有这些人的真正支持，才能够配合PMO的运作，达到PMO的作用。
* 能够在项目经理和决策层之间，站在中立者的角度，客观的来审视项目。
* 能够平衡其作为项目控制和项目支持角色之间的关系。PMO的目的是为了保证项目实施的成功，而不是实现对项目人员和项目决策的控制机构。因此PMO不应该作为政策的强制执行机构出现，来管制项目的执行。应提供给项目经理一些可以使项目成功的经验，预见性的去发现一些项目管理中的问题，来配合项目经理成功完成项目。
* 可以根据情况，进行项目群管理，保证项目是按照最优化的方式来安排和选择，能进行项目优先等级的排序，以实现组织的整体目标。
* 重视培训和教育的作用。PMO应该为项目管理和实施人员提供系统的教育和培训，以提高他们的项目管理水平。
* 应加强项目经理之间的沟通。可以采用定期的经验交流会、研讨会、问题解决会、时事通讯、富来儿(FLYERS——Fun Loving Youth En Route to Success)等多种形式，来加强项目经理间的沟通，提高项目经理的管理水平。
* 重视知识管理。PMO应该收集和管理项目执行的经验和教训，作为项目的历史数据信息，作为今后组织的决策依据和项目执行的参考。
* 持续改进。应该根据现有方法论、流程、制度的应用情况和反应出来的问题，对其进行改进。这个过程应该是持续的，同时需要与其他组织进行比较(基准比较)，发现自己的差距，以更加完善组织的项目管理标准。
在实施PMO时，上述事项是大家必需关注的。