PMO设立之后，开始了PMO的运行过程。成功的PMO运行应该能够保证在组织内项目管理的一致性；使组织决策层和项目经理、员工明确项目的价值；能够在项目经理和决策层之间，客观公正的审视项目；平衡好PMO作为项目控制者和项目支持者的角色，从而达到更多项目成功的目的。
此外，还应该为项目管理和实施人员提供系统的教育和培训；加强项目经理之间的沟通；认真借鉴已有项目执行的经验和教训，持续改进组织的项目管理。
PMO应该注意的无效运作方法表现为：（1）同时做所有的事；（2）做事犹豫不决；（3）忽视关键的项目相关利益者；（4）提供重于要求；（5）工作于真空之中。
目前项目管理办公室还处于探索研究阶段，积极借鉴国外大型公司和组织应用PMO的经验，随着专业项目管理公司的培育和发展，以及虚拟团队的出现， PMO将会成为提高项目管理水平的重要手段，不断丰富和完善PMO的理论研究和实践，努力推动项目管理向前发展。
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