项目组织是为了完成某个特定的项目任务而由不同部门、不同专业的人员组成的一个临时性工作组织，通过计划、组织、领导、控制等过程，对项目的各种资源进行合理协调和配置以保证项目目标的成功实现。项目组织结构、各岗位的具体职责、人员配备等根据项目的技术要求、复杂程度、规模以及工期等因素而有所不同。
建设项目实施过程中，项目参与者都有自身的利益出发点，如何协调各个参与者之间的利益关系直接关系到项目目标的实现。与施工总承包项目相比，在EPC项目实施过程中，设计、采购和施工各个阶段之间的交叉协调为发挥总承包商的技术和管理优势增加了更大的空间。因此，EPC项目的组织模式和管理环境具有很多新的特征。
1.EPC项目组织组建时面临的挑战
在EPC总承包项目中，业主对承包商的组织管理能力提出了很好的要求。目前，大型施工企业在EPC总承包项目组织的组建过程中面临的主要挑战包括以下几个方面：
(1)企业现有的技术力量和各种资源有限，在承接和实施EPC总承包项目时需要和企业内部的其他项目共享资源;
(2)在EPC总承包项目的组织管理能力比较薄弱，需要依靠职能部门(纵向结构)短期内提供优势资源并形成长期的知识和技术积累;
(3)工程总承包项目的本质要求是实现集成化管理，需要企业无论在项目内部还是部门内部都必须具有较高的协调能力和信息处理能力，以提升企业实力，增强竞争优势。
2.项目管理组织结构的选择
组织结构是反映生产要素相互结合的形式，即管理活动中各种职能的横向分工与层次划分。由于生产要素的相互结合是一种不断变化的活动，所以，组织也是一个动态的管理过程。就项目这种一次性任务的组织而言客观上同样存在着组织设计、组织运行、组织更新和组织终结的寿命周期。要使组织活动有效进行，就需要建立合理的组织结构，项目组织结构形式对项目的成败有很大影响。项目的组织结构通常受项目的目标、项目的任务、项目所能获得的资源多少、项目的各种制约条件、项目所处的环境等各种条件的影响和限制。
3.EPC项目组织基本模式
根据国际工程项目管理模式，企业最终要建立“大总部、小项目”的事业部商务模式以实现项目实施和企业发展之间的良性互动。我们认为，矩阵组织理念已经为业主和总承包企业普遍接受，在企业总部还没有形成适应总承包项目管理的组织模式的情况下，EPC项目组织基本模式包括三个层次和两个矩阵结构。
(1) 企业支持层、总承包管理层和施工作业层
企业总经理及总部职能部门构成企业支持层，向总包管理层提供管理、技术资源以及行使指导监督职能;总包管理层是指EPC项目的实施主体——总承包项目部，总承包项目部的团队组建和资源配置由工程总承包企业总部完成，代表企业根据总承包合同组织和协调项目范围内的所有资源实现项目目标;施工作业层由各专业工程分包的项目部组成，根据分包合同完成分部分项工程。
企业支持层和总包管理层之间的主要组织问题是企业法人和项目经理部之间的责、权和利的分配关系，企业组织是永久性组织，项目组织是临时性组织，企业为项目经理部实施提供资源支持，项目经理部为企业创造利润，并且经过项目实施过程积累经验，为提升企业项目管理水平和专业技术优势做出贡献。
(2)资源配置矩阵和业务协同矩阵
从理论上讲，业主方、总承包商和分包商的目标是一致的，都是为了完成项目目标。但是，在工程实践中，由于各参与方来自不同的经济利益主体，会因为各自的短期利益目标
而产生矛盾和冲突。总包管理层和施工作业层之间存在业务协同矩阵，各专业工程分包商的施工作业在总承包系统管理下展开。因此，业务协调矩阵的有效运行取决于总承包商的协调管理能力。
企业支持层和总包管理层之间除了业务上的指导和监督外，存在资源配置矩阵。具体而言，项目上人力资源和物质资源都是企业配置的，项目部只拥有使用权。管理视角的矩阵组织结构就是指项目部的管理人员和专业技术人员要接受双重领导：职能部门经理和项目经理。资源配置矩阵结构有效运行的目的就是保证项目实施的资源需求和为企业的发展积累人才资源、管理和专业技术经验。