2．2 Ⅱ模式以品种或工艺的开发和改进为导向
它的主要特征是：它可以在现存的品种簇中增加新的品种，提高车间的生产效率；通常该项目与具有某些特征的特定品种或生产过程的某些特定阶段相关联；已经建立了很好的品种市场，同时存在亲密的顾客关系；单个项目的技术输出经常依次传递给另外的项目；项目团队承担品种推出或生产制造一体化的责任。这种模式是比较基本的R&D项目管理模式，Ⅱ模式的基础，许多中小型企业，特别是具备一定的R&D能力和技术能力的企业，在中短期内常常采用这种模式。
例如，昆明制药股份有限公司运用这一模式，在成功地开发篙甲醚注射剂以后，接着进行篙甲醚产品的系列化工作，陆续开发了篙甲醚胶囊、篙甲醚片、复方蒿甲醚片等系列产品。在这一过程中，公司的核心技术得到了很好的培育和提高，1985—1988年、1988—1990年和1991—1999年的核心技术分别是：合成技术、催化剂和复方制剂技术，因此取得了2．3 III模式以较长期的知识生产为导向
它的主要特征是：在考虑了正在开发的品种和市场，在对市场、社会和环境变化以及所要求的品种或技术做出长期预测的基础上，为了产生潜在的经营机会，需要更多的概念性的思想；因为市场反应很难评价，所以这种项目具有较大的风险；需要一个多技能团队。这种模式是比较典型的R&D项目管理模式，它是以I模式和Ⅱ模式为基础。许多大中型企业，特别是具备较强的R&D能力和技术能力的企业，在比较长的时期内常常采用这种模式，并且可以取得良好的创新绩效。我国一部分大型制药企业的研发模式正在向这一模式转换。只有建立了基于此模式的内部研发组织，我国制药企业才真正建立起整个产业的研发机制。
需要注意的是上述3种模式是3种理想的模式。在实际的新药R&D项目管理中，这3种模式不是毫不相关的，而是紧密关联的。对一个制药企业来说，在R&D项目管理中，在不同的阶段，可能是以上述3种模式中的一种为主导模式，同时也可能包含其他模式的一些阶段或全部阶段。也就是说，这3种模式是交互的、动态演变的。
在全球医药市场一体化的趋势下，我国药品生产逐渐实现与国际接轨，知识产权与专利保护使大量的药品仿制已无可能。面对日益加剧的市场竞争，保持和提高我国制药产业水平的根本在于增强我国创新药的研发能力，提高新药研发的综合实力与整体水平。
据统计1981年全世界对R&D投入为52亿美元，至1996年已达到450亿美元。但每年上市的一类新药NCE却逐年减少，60年代初期，每年上市的NCE约100个，1996年仅40个。研发投入的飞快增长，却带来了新药上市速度的不断减慢，这说明全球范围内新药研发的难度正在不断加大，研发效率在逐渐降低。全球化的这一趋势，对与发达国家有很大差距的我国制药企业提出了更加严峻的挑战。因此实施全方位战略提高我国制药企业的R&D水平，尤其是利用现代管理手段加强R&D项目管理，对于提高我国制药企业的创新能力和获取持续竞争优势具有十分重要的意义。
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